《管理辦法》共五章三十七條，包括制定目的、編制發(fā)布、實施應用、監(jiān)督保障和附則，規(guī)定了區(qū)域環(huán)評編制工作的開展方式和審查、發(fā)布要求，成果與規(guī)劃、規(guī)劃環(huán)評及建設項目管理的銜接，環(huán)評工作實施的監(jiān)督保障等。
《管理辦法》的重要內(nèi)容之一是構建明確的區(qū)域空間生態(tài)環(huán)境評價制度，體現(xiàn)在第三條，“區(qū)域空間生態(tài)環(huán)境評價，指由區(qū)人民政府組織，以改善區(qū)域生態(tài)環(huán)境質量和保障區(qū)域生態(tài)安全為核心，以深圳市“三線一單”生態(tài)環(huán)境分區(qū)管控體系為基礎，銜接經(jīng)濟社會發(fā)展戰(zhàn)略、國土空間規(guī)劃、產(chǎn)業(yè)規(guī)劃等內(nèi)容，劃定生態(tài)環(huán)境管控區(qū)域評價單元，對評價單元的生態(tài)環(huán)境、環(huán)境影響等進行系統(tǒng)評價，提出區(qū)域空間生態(tài)環(huán)境管理要求，指導區(qū)域空間合理開發(fā)的方法與制度?！?/p>
《管理辦法》的重要內(nèi)容之二是形成市區(qū)兩級多部門大環(huán)保工作機制，體現(xiàn)在第五條、第八條、第二十條、第二十五條，強化各職能部門聯(lián)動協(xié)調(diào)。
《管理辦法》的重要內(nèi)容之三是建立精細評價、動態(tài)調(diào)整的閉環(huán)管理體系，即“組織實施-劃分單元-區(qū)域評價-報送發(fā)布-分類執(zhí)法-更新調(diào)整”，體現(xiàn)在第十條、第十一條、第十二條、第十三條、第十四條、第十七條、第十八條、第十九條等。
《管理辦法》的重要內(nèi)容之四是強化環(huán)評公共服務職能、優(yōu)化營商環(huán)境，從項目分類管理（第二十四條）、施工場地管理（第二十六條）、“三同時”管理（第二十七條）等方面讓企業(yè)享受政府區(qū)域評價成果、降低開辦成本、提高開辦效率。
《管理辦法》的重要內(nèi)容之五是銜接排污許可、推進“一證式”監(jiān)管，區(qū)域環(huán)評改革充分考慮了與排污許可管理銜接，從企業(yè)排污許可管理（第二十八條）、事中監(jiān)管要求（第二十九條）、事后監(jiān)管要求（第三十條）等方面充分銜接排污許可，強化宏觀指導、優(yōu)化微觀管理，突出重點管理。
《管理辦法》的重要內(nèi)容之六是銜接多項規(guī)劃、探索環(huán)保系統(tǒng)的“多評合一”，從編制區(qū)域環(huán)評報告、與規(guī)劃環(huán)評、產(chǎn)業(yè)園區(qū)規(guī)劃環(huán)評應用等方面強化與產(chǎn)業(yè)、國土空間規(guī)劃的銜接，體現(xiàn)在第二十條、第二十一條、第二十二條。